عملکرد اصلی بخش میکروب شناسی پزشکی ، کشت نمونه های مختلف بیماران مشکوک به عفونت به منظور بررسی میکروارگانیسم ها، شناسایی دقیق گونه های جدا شده، انجام تست حساسیت به آنتی بیوتیک ها  برای بیماری های عفونی می باشد. این موارد در تشخیص و درمان بیماری های عفونی به متخصصین بالینی کمک خواهد کرد.

در واحد باکتری شناسی، همه ی تجهیزات لازم برای کشت و جداسازی باکتری های هوازی و بی‌هوازی مهم از نظر پزشکی وجود دارد. همچنین پلیت های آنتی بیوگرام توسط دستگاه بررسی شده و پاسخ بر اساس CLSI گزارش می شود.

در واحد انگل شناسی، نمونه های بالینی به ویژه Stool (مدفوع) به منظور بررسی و تشخیص انواع تک یاخته ها مورد بررسی قرار می گیرد. 

در واحد قارچ شناسی، علاوه بر انجام آزمايش‌های مستقيم بر روی نمونه های بدست آمده از قسمت های مختلف بدن همچون پوست، مو و زخم، به در خواست پزشک کشت، جداسازی و بررسی کلنی های حاصل از آنها نيز انجام می‌گردد.